Nach § 5 Trinkwasserverordnung muss eine Desinfektion bei mikrobiell belasteten Wässern nach den allgemein anerkannten Regeln der Technik durchgeführt werden. Zur Filtration und Desinfektion wird auf die DIN 2001-1 vom Oktober 2006 hingewiesen. Bevorzugte Filtrationsverfahren zur Erzielung von Trübungswerten kleiner/gleich 0,2 FNU (Trübungseinheiten) sind Langsamfiltration, Ultra- oder Mikrofiltration. Dieser Trübungswert sollte generell bei der Desinfektion von Wasser nicht überschritten werden. Nur wenn die Trübung des Rohwassers vor der Desinfektion ständig obige Trübungswerte einhält, kann mit Zustimmung des Gesundheitsamtes auf eine Filtrationsstufe verzichtet werden.

Bei der Desinfektion mit ultraviolettem Licht (UV-Desinfektion) ist eine fortlaufende technische Überwachung der UV-Anlage erforderlich. Dies erfolgt insbesondere durch typgeprüfte Sensoren, die kontinuierlich die Bestrahlungsstärke messen. Sofern technische Störungen auftreten oder die Trübung im Wasser ansteigt, muss sich die Wasserförderung selbsttätig abschalten. Nach dem DVGW-Arbeitsblatt W 294-1 müssen die UV-Geräte bestimmten Anforderungen entsprechen und gemäß diesem Arbeitsblatt betrieben werden.

Anstelle der UV-Desinfektion kann Trinkwasser auch durch Chlor wirksam desinfiziert werden. Hierbei ist bei dezentralen Wasseranlagen der elektrolytischen Erzeugung von Chlor und Dosierung von Hypochlorit-Lösungen der Vorzug zu geben ist. Bei dieser Art der Desinfektion ist zu fortlaufend zu prüfen, ob der Wasserdurchfluss über dem zugelassenen Maximalwert liegt, die Chlorelektrolyse defekt ist oder die Mindestkonzentration an freiem Chlor unterschritten wird.

Eine Desinfektion des Wassers im privaten Bereich ist generell nur dann durchzuführen, wenn das Wasser nicht den mikrobiologischen Anforderungen der Trinkwasserverordnung entspricht. Eine prophylaktische Desinfektion eines mikrobiell einwandfreien Wassers ist grundsätzlich abzulehnen.

Gegenüber der zentralen Trinkwasserdesinfektion hat in den letzten Jahren die dezentrale Wasserentkeimung in steigendem Maße an Bedeutung gewonnen. Es wurde erkannt, dass durch die Hausinstallation, insbesondere die Warmwasser-installation, eine erhebliche mikrobiologische Beeinflussung des Trinkwassers stattfinden kann. In diesem Zusammenhang sei auf das Problem unsachgemäß installierter Rohrnetze und stagnierender Wasserverhältnisse, die zu einem unerwünschten Legionellen-Wachstum im Leitungssystem führen, hingewiesen. Um eine nachträgliche mikrobiologische Kontamination durch das häusliche Rohrnetz auszuschließen, sind bei der Planung, dem Bau, der Inbetriebnahme und dem Betrieb der Trinkwasser-Installation stets die allgemein anerkannten Regeln der Technik einzuhalten. Dies gilt insbesondere für medizinisch sensible Bereiche mit immungeschwächten Personenkreisen (Krankenhäuser, Altenheime, Rehabilitationszentren).

Eine dezentrale Desinfektion kann entweder thermisch, durch Zudosierung eines Desinfektionsmittels oder durch UV-Bestrahlung erfolgen. Bei letzterem Verfahren muss das Wasser bezüglich Färbung, Trübung, UV-Absorption, UV-Durchlässigkeit sowie Eisen- und Mangan-Ionengehalt bestimmte Kriterien erfüllen (siehe Punkt 8).